区别一：在监管方面存有区别。自贸区注册公司和区外公司在监管上不一样，前者不论在时间上还是在注册环节上都有一定的减少，甚至还取消了公司的相关年检制度，而区外公司却没有这些便利优惠。
区别二：在海关操作流程上存有区别。自贸区注册公司和区外公司在海关操作流程上不一样，前者直接简化了货物进出口的海关流程，还对所销售出口的自贸区商品进行免征关税，而后者也不能享受到这种优惠。
区别三：在税收方面存有区别。自贸区注册公司和区外公司在税收方面，前者能够进行分期缴纳税收，如果是自贸区里面的企业会员之间有业务往来的也不需再缴纳税费，甚至是这些注册企业和香港企业一样不用每个月都交税，而是进行实行年报，会依据账户交易来进行确认收入做帐，在所得税方面也能享受到国家财政补贴，而后者也是不能享受的。
另外除了上述外，自贸区注册公司经营范围如果不在负面清单内。只要能够符合法律规定照样能够正常注册，只有涉及负面清单不符合法律规定才需要批复才行。
